Postavením zdi a uzavřením hranic byly dotčeny celkem čtyři trasy metra. Šlo o linky A (dnes U2), B (dnes U1), C (dnes U6) a D (dnes U8). U prvních dvou byla opatření velmi jednoduchá. Trasy metra směřovaly ze západu na východ, takže došlo pouze k rozdělení. V případě linky A vznikly dva provozní úseky (západní a východní), trasa linky B byla fakticky zkrácena o jednu stanici, protože ve východním Berlíně měla pouze jednu – a sice koncovou – stanici (Warschauer Straße). Východní Berlín tedy neměl na provozování této trasy žádný zájem. Západnímu Berlínu přerušení provozu těchto dvou tras žádné komplikace nepřineslo. Stejně, jako se na přerušení provozu předem připravovali na východě, připravovali se na možné uzavření sektorových hranic (byť ne z vlastní iniciativy) také na západě.
Jak na trase A (U2), tak na trase B (U1) proto byly vloženy dodatečně v posledních stanicích před sektorovou hranicí obratové výhybky, které umožnily provoz kdykoli zkrátit. Jiná situace panovala u linek C (U6) a D (U8). Ty sice také měly stanice ve východním Berlíně – linka C (U6) pět a linka D (U8) dokonce šest – obě konečné ale měly v západním sektoru. U těchto linek bylo přijato jednoduché opatření. Vlaky nesměly ve stanicích zastavovat, ale směly jimi pouze sníženou rychlostí projíždět. Také rychlost v tunelových úsecích východního Berlína byla snížena, a to z 50 a 60 km/h na pouhých 15 km/h (později došlo k navýšení na 25 km/h).
Jedinou výjimkou mezi uzavřenými stanicemi byla Friedrichstraße na lince C (U6). Na té mohly vlaky metra nadále zastavovat, což ale neznamenalo, že by mohli stanici využívat také občané východního Berlína. Stanice byla ponechána jako provozní z toho důvodu, že kromě linky C (U6) jí procházela také trať S-Bahnu. Projížděly zde hned tři linky směřující na západ, a sice Wannsee – Frohnau, Lichterfelde Süd – Heiligensee a Lichtenrade – Gesundbrunnen. Kromě metra a S-Bahnu zde byla na základě dřívějších dohod zřízena také koncová stanice dálkových vlaků, které jezdily ze západního Německa do Západního Berlína, avšak ukončeny byly až ve stanici Friedrichstraße, tedy ve východním sektoru (odkud již prázdné pokračovaly na seřaďovací nádraží). Mimoto zde zastavovaly také další dálkové vlaky (směřující například do Kodaně, ale také do Prahy a Vídně), přičemž nástupiště dálkové dopravy byla také v tomto případě určena pouze pro cestující ze Západního Berlína. Pro Berlíňany z východního sektoru sloužilo až nádraží Ostbahnhof. Přestože nádraží bylo východoněmeckou půdou, jeho velká část byla určena jen „kapitalistům“. Jelikož odtud ale současně vyjížděly i linky S-Bahnu východoberlínského, bylo nádraží odděleno tak, aby nebylo možné přecházet. Mezi nástupišti vyrostla fakticky další část Berlínské zdi (a to postupně až ke stropu vysoké haly). Po krátké době byl také přímo na nádraží zřízen další hraniční přechod, z nějž bylo možné přecházet do východního Berlína a opačně (při splnění všech povinností).
Stanice Friedrichstraße sloužila jako přestupní mezi spoji do Západního Berlína, zároveň zde byl hraniční přechod pro vstup do NDR. Samotná stanice se však nacházela rovněž na území východního Německa, čehož bylo využíváno pro získání devizových prostředků prodejem levnějších jízdenek platných v Západním Berlíně, anebo zřízením stánku Intershop s východoněmeckým zbožím. Přestože byly prováděny namátkové kontroly proti pašování, občané Západního Berlína možnost levného nákupu v Intershopu často využívali. (foto: DB AG)
Některé spoje S-Bahnu byly na nádraží také ukončeny. Šlo o dvojici kusých kolejí podél jednoho nástupiště. Za zdí poté končily spoje východoberlínského S-Bahnu. Přestože provozovatelem S-Bahnu byly pouze východoněmecké dráhy (i v Západním Berlíně), nebyl umožněn jednoduchý přechod vlaků z východoberlínské sítě na západoberlínskou. Z bezpečnostních důvodů bylo možné přejezd učinit pouze za využití koleje určené pro dálkové vlaky, která byla vybavena postranní napájecí kolejnicí. Takový přejezd byl možný jen na zvláštní povolení a za zvýšených bezpečnostních opatření. Spojovací výhybky byly opatřeny výkolejkami, které se musely vždy před jízdou odstranit.
Mezi stanicí metra a podzemní stanicí S-Bahnu bylo nutné zřídit dlouhý spojovací koridor, do nějž byly zaústěny jediné dveře, které byly oficiálně označovány jako služební přechod pro pracovníky východoněmeckých drah DR. Kromě této funkce měl ale ještě funkci sekundární. Po předložení domluveného znamení u stráží bylo možné projít prakticky nepozorovaně do koridoru a metrem či S-Bahnem pokračovat skrytý v davu lidí bez jakékoli kontroly a proclení do Západního Berlína. Jednalo se pochopitelně o vchod pro vyvolené, jenž si mezi zainteresovanými vysloužil jméno Ho Či Minova stezka podle slavné tajné komunikace, která pomohla zajišťovat logistiku vietnamským komunistům během vietnamské války. Kromě funkcionářů komunistické strany ji využívali také spolupracovníci z řad komunistické strany Západního Berlína (respektive Sjednocené socialistické strany Západního Berlína; SEW, tj. Sozialistische Einheitspartei Westberlins) a dále ve velké míře také agenti tajných služeb.
Dne 7. července 1976 uprchly z ženské věznice ze Západního Berlína prostřednictvím popisované spojovací chodby na východ čtyři členky ultralevicové organizace RAF (Rote Armee Fraktion; Frakce Rudé armády), jež byla s ohledem na svou činnost považována za teroristickou organizaci. Naopak na západ tudy uprchl agent německé tajné služby Werner Stiller, který s sebou přinesl také řadu tajných dokumentů, které poskytl protistraně.
Stanice měla i svou část pro cestující z východního Berlína a sloužila nadále také pro zajištění dálkové dopravy. Snímek z 21. 12. 1950 představuje na portrétech dvojici vůdců-řezníků – nalevo J. V. Stalin, napravo jeho český soudruh Klement Gottwald. Fotografie byla pořízena při příležitosti zahájení mezinárodního spojení Berlín – Praha právě ve stanici Friedrichstraße. (foto: Bundesarchiv)
Stanice měla ještě jednu zajímavost. Než byla postavena Berlínská zeď, byly ve stanicích pod východním Berlínem zřízeny prodejny jízdenek. Z 10 stanic se ale po 13. srpnu 1961 staly stanice duchů, které byly jen slabě osvětleny a v nichž byly zřízeny stanoviště pohraniční stráže, kolem nichž pomalu projížděly soupravy metra. Na povrchu pak brzy ukazatele „U“ pro stanici metra zmizely, některé vstupy byly zaslepeny, jiné zcela srovnány se zemí, takže nikdo nepoznal, že pod zemí se nachází celá stanice metra. S uzavřením stanic zmizely pochopitelně také prodejny jízdenek. Jen na Friedrichstraße zůstala jediná prodejna východoberlínského DP (BVG-Ost) zachována. Zde bylo možné si koupit jízdenku na cestování S-Bahnem i metrem, přičemž v souladu s původními dohodami byly nadále tyto jízdenky uznávány i v Západním Berlíně, byť jen v síti metra a S-Bahnu (přestup na autobusy a trolejbusy tedy nebyl možný). Prodejna se udržela do roku 1984, kdy došlo k jejímu zrušení.
Skutečnost, že nádraží Friedrichstraße leželo ve východním Berlíně, měla ještě jedno zajímavou konsekvenci. Přestože nebylo možné opustit nádraží bez projití hraniční kontrolou, bylo možné si zde v postavených kioscích na nástupištích nakoupit východoněmecké zboží. Šlo o prodejny Intershop, což byla obdoba československých Tuzexů (přestože šlo o státní podniky zřízené východním Německem, východní markou se v nich platit nedalo). V těchto kioscích lidé ze Západního Berlína nakupovali při přestupech (či úmyslných vystoupeních) za západní marky východoněmecké zboží, ať už šlo o alkohol, cigarety, ale také noviny, knihy a další zboží. Přestože ceny byly vyšší než v klasické síti obchodů v NDR, byly výrazně pod cenovou úrovní v Západním Berlíně, takže stánky si na nedostatek zákazníků rozhodně nemohly stěžovat. Ve stanicích v Západním Berlíně sice byly prováděny pravidelné kontroly cestujících kvůli celním únikům a pašování, tyto kontroly ovšem měly namátkový charakter a nebylo možné zachytit všechno zboží. Východnímu Německu poté z kiosků proudila tvrdá měna, kterou stát potřeboval.
Friedrichstraße sloužila jako hraniční přechod až do roku 1990. Pád Berlínské zdi a blížící se znovusjednocení Německa vedly v průběhu tohoto roku k odstranění všech staveb, které souvisely s nutností rozdělit nádraží na dvě oddělené části, stejně jako všech zařízení sloužících pro kontrolu lidí při přechodu hranice. Z počátku byly kontroly prováděny přímo ve stanicích v provizorně zřízených stanovištích, později ale došlo k vybudování separátních kontrolních stanovišť mimo budovu, které byly rozděleny pro různé skupiny lidí (občany Západního Berlína, diplomaty, občany dalších států, občany NDR atp.). Přestože k zabití na nádraží v souvislosti s pokusem o útěk nedošlo (útěk by ostatně ani neměl smysl, protože i pro projití kontrolou se lidé stále nacházeli na východoněmeckém území), zemřelo zde během let 1961–1989 celkem 227 lidí přirozenou smrtí. Většina z nich na infarkt způsobený stresem během hraničních kontrol.
