Stavbou Berlínské zdi jsme se dostali k problematice berlínského S-Bahnu, který měl v rámci berlínské veřejné dopravy zvláštní postavení, a proto považujeme za nutné udělat si v našem chronologickém postupu pauzu a vrátit se na okamžik hlouběji do historie, abychom systém zvaný S-Bahn poněkud více představili.
První železniční trať byla do Berlína zaústěna již v roce 1838. Později vznikla řada dalších tratí a nádraží, která byla, jak bylo v té době obvyklé, kusá a vzájemně nepropojená. Tento problém byl vyřešen v roce 1851, když byla do provozu uvedena tzv. spojovací dráha vedená po obvodu tehdejších hradeb, která většinu nádraží napojila. V roce 1870 byl poté zahájen provoz na první části okružní trasy (tzv. Ringbahn), jejímž účelem bylo propojit vzájemně do Berlína ústící tratě, avšak dál od samotného středu města. Nová trať měla sloužit především dopravě nákladní, zejména pak pro vojenské transporty, od roku 1872 po ní ale jezdily také první osobní vlaky. Odkloněním nákladní dopravy a vojenských transportů bylo možné uvolnit kapacitu nádraží i kolejí a dostavět 11,2 km dlouhou nadzemní dráhu, která se zapsala do historie jako Berliner Stadtbahn (Berlínská městská dráha). Ta spojovala berlínské východní nádraží (Ostbahnhof) s nádražím Charlottenburg.
S ohledem na houstnoucí provoz v okolí Berlína poté vznikaly další tratě vyhrazené pro provoz místní dopravy. Ty všechny posloužily později jako zárodek pro vytvoření sítě S-Bahnu. Ačkoli první pokusy s elektrizací vybraných tratí byly zahájeny již v roce 1900, rozhodnutí o elektrizaci rozsáhlejšího systému bylo přijato až v roce 1910, přičemž k napájení mělo být použito vrchní vedení. Příchod první světové války ale plány zhatil. Postupná elektrizace – nakonec s využitím třetí napájecí kolejnice jako je obvyklé u metra – tak byla zahájena až v roce 1924, přičemž rekordmanem byl rok 1928, kdy bylo elektrizováno 115 km tratí. O S-Bahnu se však začíná hovořit až od roku 1930, kdy vzniká také typické logo v podobě bílého písmena S na zeleném pozadí. Jakožto kapacitní dopravní prostředek umožňující rychlé spojení v rámci Berlína i jeho okolí se stal S-Bahn velmi populárním mezi obyvatelstvem a svou úlohou začal doplňovat a v některých relacích (například po dostavbě severojižního tunelu v roce 1936) i suplovat městské metro. Ostatně dnes je počet pasažérů přepravených berlínským S-Bahnem téměř srovnatelný s počtem pasažérů v metru (byť síť metra je co do délky menší).
Na konci války byla síť S-Bahnu vážně poškozena. Největší škodu způsobilo zatopení severojižního tunelu, z nějž se voda přelila také do systému metra. Doprava v té době již byla zastavena. Provoz na prvních úsecích byl obnoven až 6. července 1945. Přestože svým pojetím S-Bahn odpovídal prostředku hromadné dopravy osob, nebyl ve vlastnictví města, ale byl vždy provozován německými říšskými drahami (DR; Deutsche Reischsbahn). Ty také obnovily na tratích provoz. Přestože byl Berlín rozdělen na čtyři okupační zóny, byl vydán dne 11. 8. 1945 rozkaz č. 8 sovětské vojenské správy v Německu, který uváděl, že veškerý provoz železnic v sovětské okupační zóně a v Berlíně jako celku přebírají německé dráhy (tehdy ještě stále říšské – DR). Jelikož se zdálo nesmyslné, že by se měl provoz železnice, a tím i S-Bahnu, dělit v rámci samotného Berlína, západní mocnosti tento stav posvětily a daly provozní právo DR i ve svých zónách.
Když pak v roce 1949 došlo k rozdělení Německa na dva státy, vznikla paradoxní situace, kdy v západních sektorech Berlína mohly nadále provozovat S-Bahn východoněmecké dráhy. Ty se však – na rozdíl od západoněmeckých drah – nepřejmenovaly. V západním Německu nesla železnice od 7. 9. 1949 pojmenování DB – Deutsche Bundesbahn. Také ve východním Německu se nabízelo přejmenování. V době, kdy byla Hitlerova tisíciletá říše v troskách a všechny připomínky spojené se slovem „říše“ byly utlačovány do pozadí, bylo přinejmenším zvláštní, že se východoněmecké železnice nadále jmenují říšské. Oficiálně bylo jako důvod uváděno, že by přejmenování stálo příliš mnoho peněz, ve skutečnosti se ale východní Německo bránilo přejmenování svých drah kvůli Berlínu. Smlouva se spojenci totiž jednoznačně jmenovala, že provozovatelem drah na území západních sektorů bude Deutsche Reichsbahn (DR). Pokud by tedy došlo k přejmenování, musely by západní spojenci nástupnickou společnost uznat, nicméně nikdo již neměl iluze o tom, že by se tak stalo. Jelikož provoz železnic se řídil zvláštními předpisy, byly koleje DR a vybavení dráhy fakticky východoněmeckým územím.
To s sebou ale přinášelo také problémy. Jak jsme si již řekli, založení obou republik předcházela měnová reforma v roce 1948. Dokud bylo možné platit v západních sektorech i východoněmeckou markou, řada lidí toho využívala (například nájem, plyn, elektřinu atp. platili lidé zpravidla ve východních markách). Jelikož toto bylo pochopitelně pro správu Západního Berlína extrémně nevýhodné, došlo k rozhodnutí, že v západních sektorech bude možné platit jen západní markou (ve východní se dalo platit již předtím pouze východní markou). To ale způsobilo velké problémy železničářům. Zaměstnanci S-Bahnu sice pracovali pro východoněmecké železnice, ale nemalá část z nich pochopitelně bydlela v západních sektorech. Jenomže plat dostávali pouze ve východních markách, což s ohledem na vývoj kurzu (1 : 4, později dokonce 1 : 10) nemohlo postačovat.
Dne 21. 5. 1949 proto byla vyhlášena stávka, která se ale dotkla jen západních sektorů. Do ní vstoupilo okolo 13 000 železničářů bydlících v Západním Berlíně, což značně poškozovalo prestiž DR. Dráhy se snažily reagovat poskytnutím zaměstnanců z východního sektoru Berlína, kteří měli alespoň částečně provoz zajišťovat. Proti stávkujícím měla tvrdě zasáhnout východoberlínská železniční policie (Bahnpolizei, později známá jako Trasnportpolizei), přičemž mělo dojít i k několika smrtelným zraněním (přesné údaje ale nejsou dosud známé). Navržený kompromis, že by se v budoucnu vyplácely mzdy v poměru 60 % v západních markách a 40 % ve východních markách, byl odmítnut (především proto, že DR nechtěly uznat existence nezávislého odborového svazu). Problém měl být dokonce řešen na schůzce ministrů zahraničí v Paříži, kde měl sovětský velitel města Alexander G. Kotikow ujišťovat svůj americký protějšek Franka L. Howleye o tom, že požadavkům stávkujících bude brzy vyhověno (o den později byla ale tato zpráva sovětskou stranou dementována).
Neúnosná situace nakonec paradoxně přiměla opět jednat všechny čtyři velitele města (trojici západních a sovětského), kteří se dohodli na tom, že stávka musí být ukončena dne 28. 6. 1949. Splněny měly být požadavky stávkujících, zároveň ale západní představitelé vědomě hodili přes palubu hlavní představitele stávky, když dali DR volnou ruku v možném propouštění hlavních sabotérů a narušitelů. To pak odneslo celkem 1 372 pracovníků DR, kteří byli propuštěni, dalších zhruba 4 000 čekal jiný postih. Pracovníci nově dostávali plat v poměru 60 % v západních markách a 40 % ve východních markách, nicméně v Západním Berlíně bylo zřízeno zvláštní stanoviště, kde si pracovníci mohli chodit své východoněmecké marky vyměnit za západní, a to v poměru 1 : 1, což bylo pochopitelně pro Západní Berlín nevýhodné. Panovalo zde ale jisté omezení – výměna se netýkala členů Sjednocené socialistické strany Německa (tedy komunistů) a předchůdců této strany. Teprve od roku 1962 byla celá mzda vyplácena celá v západních markách a nebylo nutné řešit výměnu peněz. Skutečnost, že Západní Berlín přistoupil na to, že bude 40 % výplaty v poměru 1 : 1 vyměňovat ovšem nebyla jen dobrou vůli. Západní Berlín totiž získal cenné ústupky.
DR musely přistoupit na to, že ztratí kontrolu nad všemi zařízeními, které nesouvisí bezprostředně s provozem dráhy. Tato zařízení byla převedena pod finanční oddělení západoberlínského senátu, fakticky ale byla později spravována pracovníkem německým spolkových drah DB. Oddělení, pod které tento majetek spadal, neslo název Správa bývalého majetku říšských drah (Verwaltung des ehemaligen Reichsbahnvermögens) a Západnímu Berlínu z něj plynuly nemalé finanční prostředky (jednalo se o nejrůznější pozemky, sklady, zahrádkářské kolonie, drážní domky atp.). Stávka pak přinesla také změnu jízdného, kdy se v S-Bahnu v Západním Berlíně daly koupit již jen jízdenky za západní marky. Ty však byly dlouho levnější než jízdenky (západo)berlínského DP, čehož bylo propagandisticky využíváno. Mimoto byl S-Bahn hojně využíván pro šíření východoberlínského tisku a propagačních materiálů, proti čemuž bylo opakovaně (a nepříliš úspěšně) ze strany Západního Berlína protestováno.
Jako jednu zajímavost ještě doplňme, že vlakové jednotky sloužící na síti S-Bahnu a vyrobené před rozdělením Německa, nenesly na čele znak DR, protože byly považovány za majetek všech čtyř mocností, nikoli jen sovětského sektoru, potažmo DR. Pokud pak chtěly DR některé z těchto jednotek přemístit (například na opravy) do jiného sektoru, musely žádat o souhlas. Podobně byl velmi bedlivě sledován také pohyb stavebního materiálu, kolejí a dalšího zařízení.