Výstavba Berlínské zdi v srpnu 1961 s sebou nepřinesla významnější změny v provozu tramvají a autobusů, jejichž sítě byly již odděleny. Jiná situace ale nastala u metra, o kterém jsme již hovořili, a právě u S-Bahnu, který byl pikantní tím, jak jsme si podrobně ukázali v minulém díle, že byl provozován východoněmeckými drahami DR i na území Západního Berlína.
12. 8. 1961 byl krátce před půlnocí předán řídicímu dispečerovi ve stanici Friedrichstraße zapečetěný dopis s příkazem, že jej má otevřít přesně o půlnoci, do níž zbývala zhruba čtvrt hodina. Jakmile se ručičky hodin setkaly na dvanáctce, mohl si dispečer přečíst rozkaz, který nařizoval okamžité přerušení provozu S-Bahnu ve směru do západních sektorů. V opačném směru ale vlakům na návěstidlech svítí volno („zelená“), režim totiž správně předpokládal, že ve vlacích ze západních sektorů budou cestovat i lidé z východní části města, které pochopitelně nechtěli v „kapitalistických sektorech“ nechat. Jedním z těchto půlnočních vlaků se vracel i Günter Litfin, kterému se podařilo získat v Západním Berlíně byt, do nějž se chtěl přestěhovat. Jakožto občan východního Berlína dojížděl do západních sektorů za prací a počítal s tím, že zde jednou zkrátka zůstane. To se ale nestalo. Půlnoční vlak jej dovezl už do uzavřené východní části města a Günter Litfin se stal dne 24. 8. 1961 první obětí zastřelenou při pokusu o útěk do Západního Berlína.
Okolo páté ráno se začala plnit nástupiště lidmi mířícími do práce do Západního Berlína. Uniformovaní policisté je ale obraceli stejně jako ve stanicích metra zpět a upozorňovali je, že žádný vlak mimo „demokratický sektor“ Berlína nepojede. Teprve dne 14. 8. 1961 okolo 6:30 byl provoz vlaků z Friedrichstraße obnoven, nicméně pouze pro občany Západního Berlína. Síť S-Bahnu byla rozdělena ve stanici tak, aby nebylo možné projet z východu na západ. Friedrichstraße ale nebyla jediným místem, kde byl provoz S-Bahnu mezi východním sektorem a západním sektorem omezen. K přerušení plynulého provozu došlo na celkem 12 místech.
Pohled přes Berlínskou zeď do východního Berlina v létě roku 1962. Snímek ukazuje již léta nepoužívané koleje tramvají mezi východním a Západním Berlínem. Vlevo v pozadí je však možné vidět ještě siluetu tramvaje východoberlínského DP. Uprostřed snímku za protitankovými překážkami je možné spatřit uzavřenou stanici S-Bahnu Potsdamer Platz. Pro zajímavost můžeme připomenout, že překážky v podobě tzv. rozsocháčů jsou vynálezem majora československé armády Františka Kašíka a v němčině se pro ně proto vžilo a dodnes používá pojmenování Tschechenigel, tedy doslova český ježek. (foto: Allan Hailstone)
Na třech úsecích byl zaveden provoz S-Bahnu ve zkrácených trasách pouze po východoněmeckém území. Nejdelší z těchto úseků měl ale délku jen 4,67 km, takže provoz jednotek S-Bahnu zde poněkud postrádal smysl. Dne 12. 9. 1961 tak byl provoz S-Bahnu na jednom z těchto tří úseků zastaven a od 9. 10. 1961 následovaly i zbylé dva. Náhradou se staly klasické osobní vlaky a později menší motorové vozy, které postačovaly pro obsluhu dotčených oblastí. Dva úseky zůstaly po předělení hranic odděleny zcela od zbytku sítě S-Bahnu, nicméně provoz byl na nich nadále zachováván. Jedna z tratí byla později (1983) rekonstruována na klasickou železniční trať s napětím 15 kV AC, druhá byla brzy (už od 19. 11. 1961) propojena skrze novostavbu (severní vnější okruh) se zbytkem sítě. Na šesti úsecích o celkové délce 14,02 km byl provoz od 13. 8. 1961 zrušen bez náhrady. Stejně tak došlo k uzavření několika stanic. Devět bylo zcela uzavřeno, nicméně jedna z nich – Staaken – se ještě 4. 3. 1962 dočkala opětovného otevření (jen pro občany Západního Berlína), nicméně od 17. 9. 1980 byla stanice zase uzavřena. Stanice Stolpe Süd byla zajímavá tím, že odtud ještě dne 14. 8. 1961 – den po zahájení stavby zdi – odjel ještě jeden vlak, nicméně následně došlo také k jejímu uzavření. Další čtyři stanice ležely v těsné blízkosti hranic a byly určené vždy jen pro občany Západního Berlína. Zvláštní postavení měla stanice Wollankstraße, která sloužila potřebám občanů ze Západního Berlína (přístup byl zajištěn z francouzského sektoru), ale fyzicky stála v sektoru sovětském.
Pro Západní Berlín byla situace s S-Bahnem po stavbě zdi ještě více komplikovaná než dříve. Dne 23. 8. 1961 – deset dní po stavbě zdi – projednával západoberlínský senát možnosti, jak zajistit provoz S-Bahnu pod západní kontrolou. Řešeny byly konkrétně tři scénáře, a sice přerušení provozu S-Bahnu v Západním Berlíně násilně přímo ze strany západních sektorů. To by ale znamenalo porušení poválečných smluv mezi spojenci, takže se tato otázka dále neprojednávala. Druhý scénář řešil obavu z možného přerušení provozu ze strany východních Němců, a sice formou stažení všech souprav. Ty ale – alespoň ty předválečné – byly formálně považovány za majetek všech čtyř sektorů. Západoberlínská policie každopádně dostala nařízení hlídat pohyb vlaků a zabránit případnému přesunu. Poslední projednávaná varianta počítala s tím, že by provoz S-Bahnu mohli přerušit sami východní Němci, a to i za cenu, že by zde nechali vozový park. Pro takový případ se počítalo s převzetím provozu do vlastní režie, přičemž při zvažovaném nasazení 38 vlaků by bylo možné udržovat provoz na celkem 5 trasách v 10minutovém intervalu a zásobovat je západoberlínskou elektřinou. Nakonec se ale ani jeden ze scénářů nenaplnil. S-Bahn zůstal ještě na dlouhé roky pod správou východoněmeckých drah DR. Jeho pozice coby druhého kapacitního dopravního prostředku (po metru) v Západním Berlíně se ale otřásla, a to v důsledku vyhlášeného bojkotu.
