Po minulém díle našeho seriálu, který nás už zavedl hlouběji do roku 1990, se vraťme v čase zase zpět do listopadových dnů roku 1989. Zatímco novináři obšírně informovali o znovuotevření první „stanice duchů“ (Janowitzbrücke) dne 11. 11. 1989, na druhé straně Berlínské zdi se naopak stanice uzavíraly, a to z provozních důvodů. Stanice totiž byly tak přeplněné lidmi, že nebylo možno zajistit jejich odvoz ani bezpečí. Proto se BVG musela opakovaně v prvních dnech po otevření hranic přiklonit k preventivnímu uzavření stanic a lidé museli tyto stanice opustit. Nápor cestujících byl tak velký, že se dopravce dokonce odhodlal k zastavení provozu celých linek U3 a U4 s tím, že soupravy využil pro posílení trasy U1, která patřila společně s linkou U7 mezi ty nejvíce zatížené. Podle odhadů bylo o víkendu 11. a 12. 11. 1989 přepraveno okolo 4 mil. pasažérů, zatímco běžně šlo během víkendu pouze o cca 1,2 mil. cestujících. Předpoklady, že nové podmínky pro výjezd občanů NDR přinesou zvýšený nápor o cca 300 000 lidí, se ukázaly jako naprosto liché. Vzhledem k nebývalé poptávce muselo metro v síti BVG jezdit zpočátku v nepřetržitém provozu. Během konce roku se situace mírně lepšila a nápory cestujících přicházely především o víkendech.
Jiná situace než u metra panovala u S-Bahnu. Ten byl, jak už víme, degradován v Západním Berlínu na nevýznamný dopravní prostředek, jehož znovuvzkříšení teprve pozvolna probíhalo. BVG provozovalo v listopadu 1989 pouze dvě linky, které byly navíc vzájemně odděleny. Ačkoli S-Bahn zajížděl do stanice Friedrichstraße, tedy na východoberlínské území, byl stavebně dávno upraven tak, aby nebylo možné zabezpečovat průběžný provoz (kolejové spojení ale existovalo). Přestože z původní sítě S-Bahnu existovalo v Západním Berlíně v listopadu 1989 pouze torzo, byl i tento dopravní prostředek hojně využíván cestujícími a BVG zavedly ještě 9. 11. 1989 (v den „pádu“ zdi) celodenní provoz s tím, že na jedné z tras byl interval 20 minut. Večer téhož dne byly přetaženy přes nádraží Friedrichstraße dva vlaky východoněmeckých drah DR do Západního Berlína, aby zde vypomáhaly s náporem cestujících. Na lince S3 mohl být díky tomuto aktu zaveden pouze pětiminutový interval, na trase S2 poté desetiminutový. Události dalších měsíců vedly logicky ke snaze obnovit provoz S-Bahnu tak, jak byl řešen v minulosti, tedy skrze celé město bez ohledu na sektorové hranice. První úsek mezi Ostbahnhofem a Charlottenburgem (historická trasa Stadtbahnu) byl uveden do provozu dne 2. 7. 1990, tedy den po zavedení měnové, hospodářské a sociální unie, kdy už hranice mezi stále ještě de iure dvěma státy zmizely. Další stanice S-Bahnu, jež byly uzavřeny v souvislosti se stavbou Berlínské zdi (Nordbahnhof a Unter den Linden; dnes pod názvem Brandenburger Tor) byly opět předány do provozu od 1. 9. 1990. Oproti tomu stanice Bornholmerstraße, u níž byla vybudována po stavbě zdi přeložka tak, aby se zde jezdící linka S-Bahnu nedotýkala sektorové hranice, mohla být znovu do provozu uvedena jen provizorně až v roce 1991 a skutečný přestupní uzel zde byl znovu vytvořen dokonce až v roce 2001 po nezbytných úpravách infrastruktury.
Samostatně je zapotřebí se zmínit o slavné Ringbahn – okružní trase okolo Berlína, která byla poprvé jako celek uvedena do provozu v roce 1877 se která původně sloužila primárně pro odklony vojenských transportů a nákladních vlaků mimo území Berlína s jeho typickými hlavovými nádražími. Se stavbou zdi byl pochopitelně průběžný provoz S-Bahnu v okruhu skrze celé město zastaven, nadále ale separátně probíhal provoz na východní i západní části sítě. To se ale v roce 1980 po stávce zaměstnanců drah v Západním Berlíně změnilo a trasa patřila mezi ty, na nichž již nebyla doprava v září 1980 obnovena. Západní Berlín ovšem začal již v létě 1989 pracovat na tom, aby se zde mohly vlaky vrátit a trasu nechával postupně náročně rekonstruovat, avšak provoz se podařilo zahájit až v prosinci 1993, a to stále jen na její části. Obnovení dříve existující infrastruktury, které si vyžádalo milióny marek, bylo dokončeno až v roce 2002. Typický obrázek okruhu linek S-Bahnu okolo Berlína se stal opět realitou až od 16. 6. 2002. V mezičase se pochopitelně pracovalo na opravách a zprovozňování dalších úseků S-Bahnu, a to jak na relacích mezi východním a Západním Berlínem, tak mezi Západním Berlínem a městy v jeho okolí. Z Wannsee do Postupimi se tak například začalo jezdit od 1. 4. 1992. Nejvíce úseků se podařilo zprovoznit v letech 1997–2001 (v jednom případě šlo i o novostavbu), úplně poslední úsek z dřívější sítě S-Bahnu byl zprovozněn až 25. 2. 2005 (trať Lichterfelde Süd – Teltow; částečně zde šlo ale rovněž o novostavbu). Z tratí provozovaných před rokem 1980 tak nebyl provoz obnoven pouze na jediné – tzv. Siemensbahn, které se budeme věnovat ještě samostatně.
Po pádu Berlínské zdi bylo zapotřebí řešit také otázku opětovného sjednocení S-Bahnu pod jednu správu. Jak víme, v Západním Berlíně byl provoz S-Bahnu od roku 1984 zajišťován západoberlínským DP a ve východním Berlíně provoz nadále držely východoněmecké dráhy DR (Deutsche Reichsbahn). Do budoucna však bylo nutné zajistit, aby byl S-Bahn provozován pouze jediným subjektem, přičemž problém nešlo vyřešit plánovaným sloučením BVG a BVB.
Se sloučením Německa od 3. 10. 1990 zůstaly východoněmecké dráhy nadále samostatné, protože začlenit takový kolos do struktur německým spolkových drah (Deutsche Bundesbahn) nebylo jednoduché. Podobně jako u obou městských dopravních podniků zde byly odlišné předpisy, vozidla, ale i tarif, který východoněmecké dráhy zvýšily v rámci své sítě poprvé až od 1. 1. 1991 (a to po dlouhých 40 letech). Teprve od ledna roku 1991 byla také zaváděna nová železniční spojení ve směru do původních spolkových zemí (NSR). Až od 1. 1. 1994 vstoupila v platnost reforma železnice, kdy došlo ke sloučení Deutsche Reichsbahn a Deutsche Bundesbahn pod nové jméno Deutsche Bahn (se zkratkou DB). Právě na nově vzniklou společnost byla převedena provozní práva pro síť východoberlínského i západoberlínského S-Bahnu. Po deseti letech tak přestal být Dopravní podnik (mezitím již sloučený) provozovatelem S-Bahnu v západních sektorech. Od 1. 1. 1995 přišla ještě jedna změna, když byla založena společnost S-Bahn Berlin GmbH, do jejíhož majetku byl převeden personál, vozidla i dílny, zatímco nádraží, koleje, napájecí síť a signalizační zařízení zůstaly pod správou DB (konkrétně DB Station & Service, později DB Netz). S-Bahn Berlin GmbH je však 100% dceřinou společností německých drah DB a město nemá ve firmě žádný podíl.