Stavba Berlínské zdi v roce 1961 se dotkla celkem čtyř tras metra. Šlo o dnešní linky U1 (původně B), U2 (původně A), U6 (původně C) a U8 (původně D). U linek U6 a U8 pak bylo znemožněno zajišťovat výměnu cestujících na stanicích pod východním Berlínem (s výjimkou Friedrichstraße, která měla zvláštní postavení), čímž vznikly ony slavné stanice duchů.
Linka U2 (A) byla rozdělena na dvě části s tím, že stanice Potsdamer Platz byla využívána východoberlínským DP jen k odstavování a obratu souprav a metro končilo o stanici dříve na Mohrenstraße (za éry NDR Thälmannplatz). Ze strany Západního Berlína končilo metro nejprve na konečné Gleisdreieck a od roku 1972 bylo pro malou poptávku cestujících zkráceno jen po Witenbergplatz. Těleso však dráhy zůstalo nadále zachováno a prakticky nebránilo nic tomu, aby bylo možné dráhu uvést opět do provozu. To se ale změnilo se stavbou dráhy magnetické, která využila jen část původního tělesa metra směrem k Potsdamer Platzu, byla ale spojena také s budováním nové části, které musela nepoužívaná část trasy metra ustoupit. Po pádu Berlínské zdi se na pořad dne dostalo i opětovné propojení obou úseků někdejší linky A a vytvoření průběžného provozu. Od 1. 7. 1990 přešel východoberlínský DP na systém značení metra podle BVG. Z linky E se tak stala linka U5 a z linky A linka U2. Ve městě tedy existovaly dvě vzájemně nepropojené linky metra s identickým číselným označením. Na rozdíl od S-Bahnu, kde vytvoření průběžného provozu v červenci 1990 nebylo až tak obtížné, znovuzprovoznění linky U2 v celé trase si vyžádalo vysoké náklady.
Souprava „Gisel“ v roce 1991, z nichž jedna nese lakování BVG (žlutá jednotka) a druhá ještě původní barvy BVB. Proti cílenému přelakovávání vozů se strhla vlna nevole a byla později zastavena. Změna laku probíhala až při vyšších stupních oprav. (zdroj: Wikipedia.de; foto: Roehrensee)
Práce na přestavbě existujících, avšak nepojížděných, a výstavbě chybějících úseků metra byly zahájeny v roce 1991, což vedlo k zastavení provozu historické tramvaje, která byla převezena zpět do sbírek podnikového muzea, i k zrušení a demontáži zařízení magnetické dráhy. Stanice metra Potsdamer Platz, která ležela přesně pod sektorovou hranicí, musela být významně rekonstruována a muselo u ní dojít k odstranění velkého množství bezpečnostních a hraničních zařízení, která zde byla vybudována, aby bylo zabráněno útěku obyvatel do Západního Berlína. Celkové náklady na stavbu se vyšplhaly na 215 mil. marek. Provoz mohl být slavnostně otevřen dne 13. 11. 1993 a šlo o skutečně velkou událost. Povrchové úseky trasy lemovaly zástupy lidí, kteří se chtěli na průjezd první soupravy podívat. Na Potsdamer Platzu se však i protestovalo. Datum zahájení provozu si záměrně vybrali pracovníci berlínské pobočky společnosti AEG, kteří chtěli upozornit na hrozbu propouštění v důsledku odkládaných investic do nákupu nových souprav S-Bahnu.
Provoz linky U2 nebylo možné zajistit pouze soupravami ze Západního Berlína, a tak se předem přizpůsobovaly pro zajištění obsluhy i vozidla řady G/GI. Šlo o jediné nové soupravy metra, které byly za éry NDR vyrobeny. Zatímco linka E (U5) se musela spokojit s přestavbami na platformě starších vozů S-Bahnu, pro linku A (pozdější U2), která patřila k tzv. maloprofilovým trasám metra, byl zkonstruován v podniku VEB LEW (Lokomotivbau – Elektrotechnische Werke Hans Beimler) nový typ s označením G, jehož prototyp spatřil světlo světa v roce 1974. Sériová výroba (jako typ GI a později GI/1) byla zahájena v roce 1978 a běžela s přestávkami až do roku 1989 po vyrobení 238 vozů (včetně prototypů), přičemž jednotky získaly přezdívku „Gisela“ (připomeňme, že 24 vagónů sloužilo v letech 1983–85 v Aténách, kam byly dodány jednotky jako dočasná náhrada za chybějící vlaky, které si Řecko u vagónky VEB LEW objednalo a které nebylo možné včas dodat; teprve poté se vozy dostaly zpět do Berlína). Po zprovoznění linky U2 v celé trase začaly přejíždět také jednotky GI na druhou stranu bývalé hranice. Vozidla, s nimiž v NDR nepanovaly vážnější obtíže, si ale na provoz v západních sektorech zvykala obtížně a denně u nich docházelo k několika výpadkům v provozu, což naprosto rozbourávalo jízdní řád linky U2. Opakovaných nepřesností v provozu si všimla také média, která se snažila dopátrat viníka. Nejjednodušší se zdálo ukázat prstem na východoněmeckou techniku, ta v tom však byla nevinně.
Gisela na lince U2 v roce 1993. Přes počáteční stížnosti na provozní spolehlivost vozů v někdejší západoberlínském síti se podařilo jednotky GI udržet v provozu až dodnes, a to především na trase U2. (zdroj: Wikipedia.de; foto: Roehrensee)
S ohledem na spěch při obnovování provozu metra nebylo provedeno odpovídající odzkoušení vozidel, ani personálu, navíc mělo dojít k zástavbě vadných brzdových válců. Západoberlínští strojvůdci neuměli vozidla správně ovládat, což vedlo k jejich výpadkům v provozu. BVG do provozu začalo zařazovat nové soupravy typového označení A3L 92, těch ale bylo v průběhu let 1993 a 1994 dodáno jen 51 (resp. 102 vozů), což pro náhradu „Gisel“ tak jako tak nepostačovalo. Po dodání nových souprav byla část východoněmeckých jednotek vyřazena a prodána do Severní Koreje, zbytek ale slouží v berlínském metru doposud, a to nadále především na trase U2.
Maloprofilovým metrem byla i dřívější linka B, dnes U1, která zajížděla na území východního Berlína pouze koncovým úsekem mezi stanicemi Schlesischer Tor a Warschauer Straße, kde byl přestupní bod na (východoberlínský) S-Bahn. Po výstavbě zdi byl provoz přes řeku a hraniční čáru přerušen a linka nadále ze strany Západního Berlína jezdila pouze do stanice Schlesischer Tor, zatímco zbytek zůstal opuštěný. Nadzemní stanice ve východním Berlíně byla adaptována na skladiště, mj. zde byly skladovány například žárovky. Obnova provozu tohoto úseku se protáhla i v souvislosti s náročnou opravou nádraží, které je památkově chráněné. Došlo i ke změně uspořádání nástupišť, která byla sice prodloužena, ale zároveň došlo k redukci počtu ze čtyř na tři. Znovu se tak metro na Warschauer Straße rozjelo až 14. 10. 1995. Metro se tím po šesti letech od pádu Berlínské zdi dočkalo úplného obnovení provozu.
